堆肥檢測——復達客戶檢測案例
2021年6月28日,客服中心反饋國內某環境研究院有堆肥樣品檢測的需求,接到反饋后,材料檢測實驗室工程師第一時間與客戶進行詳細溝通,情況如下:
客戶是國內某環境研究院的學生,做了一個關于堆肥樣品的研究課題,需要檢測堆肥樣品的一些元素,便于課題開展。
堆肥樣品
氮、磷、鉀、總碳、腐殖酸。
需要檢測土壤里面氮、磷、鉀、總碳、腐殖酸,得出數據用于課題研究。
分析流程:
首先對高通量測序下機的雙端序列原始數據進行質量篩查,獲取可用于下游宏基因組學分析的高質量數據集(Clean data) 。 隨后對每個樣本的高質量序列分別進行宏基因組序列拼接組裝,構建宏基因組 Contigs 和 Scaffolds 序列集,并進行基因預測,獲得非冗余蛋白序列集。隨后,對蛋白序列用多種常用數據庫進行功能注釋,獲得各等級的功能類群豐度譜,并進行差異比較分析、代謝通路富集分析、聚類分析等。同時,我們也對基因序列進行物種注釋,獲得種以及種以下精細水平的物種組成譜,并進行差異比較分析、聚類分析、物種組成豐富度和均勻度分析和關聯網絡分析等。基于上述獲得的功能豐度譜和物種組成譜,可以進一步對宏基因組樣本進行 Alpha 和Beta 多樣性分析,進而依靠多種多變量統計學方法篩選得到宏基因組中的關鍵生物標記物(如關鍵功能/物種類群) 。 同時,通過多種多種數據可視化和交互式工具,繪制具備論文發表水準的二維/三維圖表,全方位、客觀地呈現以上分析結果。此外,我們還將根據樣本來源,選擇特定的功能數據庫進行注釋分析。
檢測結果:
通過我們的檢測,客戶的課題研究有了原始數據的支撐,并且對我們的數據非常滿意,后面又陸續送了幾十批樣品。