2022年5月20日，檢測中心接到長沙某大學(xué)老師的計(jì)算需求。接到反饋后，檢測工程師第一時(shí)間與客戶進(jìn)行詳細(xì)溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是長沙某大學(xué)的老師，其主要研究分子和探針之間的相互作用，希望確定是在兩個(gè)分子的什么位置形成了氫鍵， 除此之外，還有沒有其他的相互作用，比如靜電吸附、堆積之類的。

樣品名稱

ATP、探針

客戶需求

其研究目的如下：

1.測兩分子結(jié)合方式：探針上氨基與ATP上的磷酸羥基之間形成氫鍵。

2.氫鍵的數(shù)目、結(jié)合位點(diǎn)不清楚，希望通過模擬確定分子結(jié)合方式、鍵能等信息。

解決方案

軟件用gromacs，力場用的GAFF2；在恒溫恒壓以及周期性邊界條件下進(jìn)行。應(yīng)用GAFF力場，水模型為TIP3P水模型。在MD模擬過程中，所有涉及氫原子的鍵采用LINCS算法進(jìn)行約束，積分步長為2 fs。靜電相互作用采用（Particle-mesh Ewald）PME方法計(jì)算。非鍵相互作用截?cái)嘀翟O(shè)為10 ?，每10步更新一次。

客戶反饋

客戶對數(shù)據(jù)結(jié)果非常滿意，通過分子動(dòng)力學(xué)模擬，結(jié)果能夠非常好的契合其研究目的，模擬結(jié)果表明，整個(gè)體系的靜電相互作用包括真空條件下的靜電相互作用和極性溶劑化能（ΔGelec+ΔGPB）為9.911 kJ/mol，不利于底物的結(jié)合；非極性作用可以作為疏水相互作用能，包括真空范德華能和非極性溶劑化能（ΔGvdw+ΔGnp），非極性相互作用為-23.877 kJ/mol，因此，底物與蛋白結(jié)合過程中，范德華力為主的疏水作用是主要的驅(qū)動(dòng)力。