2022年1月2日，本人接到西北某大學同學的計算需求，接到反饋后，第一時間與客戶進行詳細溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是西北某大學的一位學生，其想得沒食子酸、兒茶素、金絲桃苷、槲皮苷、積雪草酸、齊墩果酸、熊果酸、金絲桃苷、科羅索酸、α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶、胰脂肪酶、膽固醇脂酶之間的相互作用圖，包括小分子與受體蛋白的結合位點，以什么方式結合在蛋白質的哪一個氨基酸上。能夠得到活性成分與相應酶的結合位點的氨基酸組成，以及結合的方式。

樣品名稱

沒食子酸、兒茶素、金絲桃苷、槲皮苷、積雪草酸分別和α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶

客戶需求

其研究目的如下：

應用分子對接技術，推測單體成分沒食子酸、兒茶素、金絲桃苷、槲皮苷、積雪草酸分別和α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶之間可能的結合位點。

推測單體成分齊墩果酸、熊果酸、金絲桃苷、科羅索酸和胰脂肪酶之間可能的結合位點。

推測單體成分齊墩果酸、熊果酸、科羅索酸和膽固醇脂酶之間可能的結合位點。

解決方案

1.受體結構準備

從PDB數據庫中下載3a4a.pdb、1ua7.pdb、1eth.pdb、7cof.pdb結構文件。釀酒酵母α-葡萄糖苷酶PDB：3a4a.pdb，芽孢桿菌α-淀粉酶PDB：1ua7.pdb，豬胰腺-胰脂肪酶PDB：1eth.pdb，假單胞菌膽固醇脂酶PDB：7cof.pdb。用pymol對4個結構文件進行預處理得到初始結構，初始結構用AutoDock Tools 1.5.6 進行處理，計算Gaseigter電荷，并生成pdbqt文件用于分子對接。蛋白結構如下圖：

2.配體結構準備

利用ChemBioDraw生成分子的2D文件，用ChemBio3D生成分子的PDB文件。在ChemBio3D中用MM2方法對小分子進行能量最小化，用于后續的分子對接，采用AutoDock Tools 1.5.6處理配體結構，生成pdbqt文件用于對接。

客戶反饋

客戶對數據結果滿意，無論計算得到的數據還是我們提供的分析報告，以及后續的答疑都非常清晰嚴謹。